過激派フェミニズムの跋扈により、日本は完全な女性優位の社会となっていた。
数十年前に成立した「男女隔離法」に基づき、男子は生まれた直後から収容所に隔離され、
長く続く戦争への対処のため兵士として育てられることになっている。
野蛮な男達は排除され、世はまさに女性の女性による女性のための社会、乙女達の理想郷！

だが、そんな世界にたった一人、性別を隠して暮らしている一人の少年がいた。
元は防衛軍の少年兵であった彼は、とある事情により辺境の村落で戸籍を誤魔化してかくまわれ、義母義妹と共に平和に暮らしていた。
そんな彼が、社会管理AI「マザー」の指示により、女性側の武装組織である「保安隊」の訓練学校に召集されたことから物語は始まる。

志願して付いてきた義妹と共に初めて見る都会は、衰退したとはいえ未だ華やかな乙女の園。
性別を隠したまま保安隊附属の女子学園に通うことになった彼は、寮の同室となったことをきっかけに心優しい少女「アカリ」と出会う。
先輩達にも恵まれ、厳しくもどこか楽しい訓練生活の中で、少年は次第に少女と仲良くなり、恋心すら芽生えさせていく。

けれど忘れてはいけないのは、この世界は男に厳しいという現実。
男性の絶滅を訴える過激派すら存在する世の中。
もしも彼が男であるという事実が露見すれば、どんな目に遭うかも分からない。
現に、優しい少女だった筈の彼女ですら、にこやかに言ってのけるのだから。

「夢は、男を皆殺しにすることです！」