偶然訪れた鄙びた離島、枕島。
縁もゆかりもないはずのその島で、伊織は予期せぬ歓待を受ける。
なんでも伊織は綿津蛟なる島の神に見初められたらしい。
そしてこの来島自体が、予め定められていた運命なのだという。
荒唐無稽なその話を信じたわけではない。
けれども伊織は島民たちの願いを聞き入れ、宝船祭まで滞在することを決める。

島の生活を通じて、伊織は『因縁』ある3人と関係を深めていくことになる。
馴れ馴れしくも謎めいた青年――設楽飛鳥。
昏い陰を湛えながらも、伊織だけには純粋な好意を向ける少女――冴白美純。
そして、溌剌とした民宿の看板娘にして『蛟の巫女』――湊志津香。
彼らは皆、伊織と同じく奇怪な痣をその身に宿していた。

少年を待っていたのは、不可解な既視感や偶然とは思えない『繋がり』の数々。
やがて彼は知ることになる。
この出会いが、1000年の時が織り成した呪いと情念の集大成であることを。

■平安編あらすじ
浮浪児の少年伊緒は、陰陽道の大家の末娘である静珂に拾われ、式神のアスカと三人、親友であり家族のように育つ。
絶望から掬い上げてくれた経緯から、伊緒は静珂に唯一の希望を見出し、盲目的な愛情を寄せる。

そんな静珂は、幼き日より自らの滅びを予知していた。
悪夢を退ける一助となることを期待して、三人は隠れ陰陽師として密かに活動していたのだが……。